Ночью 13 августа 1998 года у приемной ФСБ на Кузнецком мосту произошел взрыв. Бомба была небольшой мощности, поэтому взрывом лишь выбило одно оконное стекло. Следующий взрыв там же прогремел 4 апреля 1999 года: трехкилограммовый заряд тротила проделал в стене здания приемной ФСБ огромную дыру. Взрывной волной были выбиты стекла в соседних зданиях, а охранявший приемную сотрудник ФСБ получил осколочные ранения. «Новая революционная альтернатива» заявила о своей ответственности за этот взрыв.
Летом 1999 года по подозрению в организации взрывов у приемной ФСБ был арестован Александр Бирюков. В конце февраля 2000 г. сотрудники Управления Федеральной службы безопасности по Москве и Московской области задержали двух женщин, подозреваемых в организации этих взрывов, а в марте 2000 г. были задержаны ещё две подозреваемые.
Судебный процесс над Бирюковым начался в Московском городском суде 19 апреля 2001 года. Он был признан невменяемым и направлен на принудительное лечение.
В апреле 2002 г. в Московском городском суде начался процесс по обвинению членов «Новой революционной альтернативы» Надежды Ракс, Ольги Невской, Ларисы Романовой и Татьяны Нехорошевой-Соколовой в терроризме, незаконном изготовлении взрывных устройств, организации взрывов у здания приемной ФСБ России в августе 1998 года и в апреле 1999 года, а также во взрыве памятника Николаю II под Подольском. Лариса Романова также обвинялась в распространении наркотиков. Подсудимые (за исключением Нехорошевой-Соколовой) свою вину не признали и отрицали причастность к НРА.
Обвинение в изготовлении взрывчатых веществ и обвинение Ларисы Романовой в распространении наркотиков были признаны судом недоказаными, а за остальные преступления в мае 2003 г. Надежда Ракс была приговорена к девяти годам лишения свободы, Ольга Невская и Лариса Романова — к шести годам лишения свободы (позднее Верховный суд РФ уменьшил срок Романовой до пяти с половиной лет), а Татьяна Нехорошева-Соколова — к пяти годам условно.
И интересный момент про тех, кто совершил теракты у приемной ФСБ 20 лет назад. Их дело было сильно связано с Кубанью. Например, тогда же краснодарские СМИ сообщили о покушении на губернатора края Николая Кондратенко.
Губернатора якобы собирались взорвать в здании администрации молодые анархисты, которых по случайности задержали милиционеры. Правоохранители остановили Геннадия Непшикуева, Марию Рандину и Яна Мусила для проверки документов — и обнаружили в рюкзаке Непшикуева самодельное — правда, нерабочее — взрывное устройство. В краснодарском фсбшном изоляторе, в народе прозванном «гестаповка», Непшикуев заявил, что взрывать собирался здание администрации края — вместе с губернатором.
Дальше начались странности: Непшикуев сначала утверждал, что планировал теракт в одиночку, но вскоре дал показания на Рандину и заявил, что изготовить бомбу ему помогла московская экоактивистка Лариса Романова. Вероятнее всего, то, что новые показания Непшикуев писал уже под диктовку после обещания о смене статуса с обвиняемого на свидетеля. Были и те, — например, сама Романова — кто считал Непшикуева провокатором.
В феврале 99 в квартире Романовой провели обыск: изъяли самиздат, переписку и пузырек с веществом, которое, как посчитали эксперты, можно использовать при изготовлении взрывчатки. Беременную на четвертом месяце Романову отвезли в Лефортово — а оттуда в краснодарский изолятор. Спецслужба стремилась связать с делом и других анархистов и экологов: активистов по всей стране таскали на допросы, увольняли с работы и пытались вербовать, многие, испугавшись, открещивались и от Романовой, и от своих взглядов.
Губернатор Кондратенко мотивы террористов объяснял сионистским заговором: «Не любовь к евреям-труженикам объединила троих молодых людей из разных стран и территорий, которые несли заряд 1,7 кг тротила под здание администрации края. Их объединили деньги сионистских центров».
Романову представляли постоянный защитник анархистов Станислав Маркелов и Виктор Мичурин. К Рандиной Маркелова не допустили, Непшикуев от его услуг отказался — его защищала краснодарская адвокат Ольга Щетинина, которая отказывалась общаться с прессой, а на суде жаловалась: «Получается, мой подзащитный сам себя утопил. Наказание в виде реального лишения свободы очень жестоко. Оно подрывает стимулы к сотрудничеству: воистину, меньше скажешь — раньше выйдешь».
ФСБ всячески пыталась отвести Маркелова от дела: то обвиняла в тайном общении со свидетелем, то устраивала слежку, то пыталась привлечь к делу как свидетеля. Несмотря на это адвокатам удалось добиться изменения меры пресечения для Романовой: в мае 99 ее выпустили под подписку о невыезде — ФСБ, вероятно, испугалась, что Романова, здоровье которой сильно ухудшилось, в СИЗО просто умрет. Под подписку, впрочем, выпустили и Непшикуева, а Рандину вовсе перевели в статус свидетеля.
Суд начался в июле: в обвинении в итоге речь шла только о незаконном изготовлении взрывного устройства, которое Романова и Непшикуев якобы собрали по чертежам из «Поваренной книги анархиста». В последнем слове Романова обличала ФСБ, а Непшикуев, напротив, каялся. Несмотря на то, что беременная Романова должна была подпасть под амнистию, а Непшикуев был уверен, что у него все схвачено, сроки дали реальные — ей четыре года, Непшикуеву — три.
Только в сентябре, уже после родов, президиум Верховного суда неожиданно сменил приговор Романовой на условный. Но вскоре и Романова, и ее муж Илья оказались в тюрьме уже по другим делам. Губернатор Николай Кондратенко занимал свой пост до 2001 года, потом работал в Совфеде, избирался в Госдуму — а в 2013 году умер от рака желудка. Краснодарское дело же стало одним из пилотных террористических дел новой России.