Генералитет республики при поддержке правых социалистов и коммунистов выступал за создание традиционной кадровой армии, а анархо-синдикалисты и левые социалисты — за милиционную организацию войск, в которой присутствуют начала самоуправления и демократии. По мнению Дуррути вообще следовало развернуть массовую партизанскую войну в тылу франкистов, создать несколько «махновских» армий и активно снабжать их оружием и боеприпасами. Эти планы привели в ужас не только оставшихся верных республике генералов, но и коммунистов. Тратить и без того недостающие боеприпасы и оружие на каких-то партизан, вместо того, чтобы укреплять линию фронта, казалось безумием. Однако франкисты изначально имели преимущество над республиканцами в дисциплине, а республиканцы — в инициативности бойцов. Перенесение центра тяжести на партизанскую войну в тылу Франко могло дать «ассиметричный ответ» и на техническое преимущество фашистов, и на лучшую подготовку офицерских кадров Франко. Но свою роль в отказе от партизанской стратегии сыграли политические мотивы. Военное руководство и без того не доверяло возникшей в Арагоне и Каталонии «махновщине», чтобы создать еще несколько неконтролируемых партизанских зон и тратить на них ресурсы. В результате шанс кардинально изменить ход войны был упущен. Уместно напомнить, что уже после падения республики, без опоры на свободную от франкистов территорию страны, в Испании развернулась партизанская война, которая активно продолжалась до 1948 г.
Несмотря на то, что преимущество было отдано ведению фронтовых операций, споры о наилучшей организации революционной армии продолжались. Конкурентом строго иерархической армии традиционного образца выступила вооруженная милиция. Она возникла в первые дни войны как реакция на мятеж. Милиционные формирования выступили на фронт, когда регулярных частей у республики почти не было. Не настала ли пора реорганизовать армию «как у франкистов»? Но анархисты возражали — милиция, опирающаяся на сеть самоуправления в тылу, хорошо держит фронт. А переиграть франкистов на поле военных действий регулярных армий не удастся.
Пытаясь доказать тезис о низкой боеспособности синдикалистских формирований, один из лидеров коммунистов Д. Ибаррури писала: «Арагонский фронт оставался неподвижным на протяжении многих месяцев». Но на протяжении тех же месяцев остальные фронты отступали. Несмотря на отсутствие у анархо-синдикалистов тяжелых вооружений (а без них наступление было невозможным), прочность Арагонского фронта была достаточной, чтобы не отступать. Этот фронт прикрывал промышленную Каталонию и аграрный Арагон, что не только обеспечило экономическую базу республики и надежное прикрытие правительству, но и позволило отправить под Мадрид трехтысячную анархо-синдикалистскую дивизию под командованием Б. Дуррути (через несколько дней после прибытия сюда он погиб). Анархистская милиция сражалась практически на всех фронтах республики. Высокие боевые качества бойцов-синдикалистов вынуждена была признать и сама Ибаррури. Профессиональный военный полковник Х. де ла Бераса так оценивал анархо-синдикалистскую милицию: «С военной точки зрения — это хаос, но это хаос, который работает».
Боеспособность милиции поддерживало также осознание справедливости существовавших в ней отношений. Д. Оруэлл писал о своих впечатлениях от службы в милиции: «Для испанских милиционеров, пока они существовали, существовал и некий микрокосм бесклассового общества. В этом сообществе не было никого, кто действовал бы из-под палки. Когда был недостаток всего, но не было привилегий и чинопочитания, каждый получал, возможно, грубый прообраз того, как будут выглядеть начальные стадии социализма».
Вторым решающим испытанием после июля 1936 г. для милиции стали бои за Мадрид. Падение столицы могло иметь катастрофические военные, моральные и политические последствия для республики. Однако темпы наступления франкистов на Мадрид были столь велики, что падение столицы казалось неизбежным. 6 ноября командующий обороной Мадрида генерал Миаха получил разрешение оставить столицу. Построенная по милиционному принципу республиканская армия, терпевшая неудачи в войне фронтов, в крупном индустриальном центре оказалась непобедимой. Здесь «запускался» тот же механизм восстания, который помог разгромить мятежников в крупных городах в июле 1936 г. Милиция закрепилась на улицах Мадрида и немедленно обросла местными жителями, снабжавшими ее к тому же всем необходимым: «Водители трамваев, сталкиваясь лицом к лицу с противником, превращали вагоны в баррикады, брали винтовки у раненых или убитых солдат, а часто просто кирки и лопаты — любое орудие, которым можно было убивать фашистов. То же самое делали парикмахеры, официанты, служащие. Все!.. Женщины, захватив кофе, коньяк и другие продукты, отправлялись на передовую, чтобы подкрепить ополченцев. Они говорили бойцам самые нежные и самые жестокие слова. Они обнимали храбрых и насмехались над теми, кто колебался… Каждый квартал города возводил свои оборонительные сооружения». В этот решающий момент в город прибыла дивизия Дуррути и две интернациональные бригады. В итоге франкисты были остановлены.
События в Мадриде подтвердили необходимость сочетания кадровых и милиционных форм военного строительства. В 1936 — первой половине 1937 гг. республиканцы сочетали регулярные и милиционные системы. Все формирования милиции были объявлены регулярными частями и должны были подчиняться общей дисциплине, но по своей внутренней структуре часть из них, особенно в зоне влияния анархистов, сохраняла начала «военной демократии» (выборность командиров, обсуждение с бойцами плана боя, политические дискуссии и др.). Это сочетание не уберегло республиканцев от поражения под Малагой в феврале, но позволило одержать победы под Гвадалахарой и Харамой в марте 1937 г.
Сравнение этого периода войны с последующим, когда «регулярная армия» станет преобладать на фронте республики, показывает, что смешанная форма имела свои преимущества. Борьба шла с переменным успехом, в то время как в 1938 г. наступит период поражений.
Военные разногласия были отражением все более острой социально-политической борьбы в республиканском лагере, принципиальных противоречий по поводу того, как строить новое общество и государство: сверху или снизу.