Суд над Пугачёвым начал заседать 31 декабря 1774 года. Это был честный суд, потому что преступлений подсудимого и так хватало на любой приговор. Судьями были 14 сенаторов, 11 вельмож, 6 министров и 4 члена Синода. Пугачёва привозили на заседания в кандалах и ставили перед судьями на колени. Руководил процессом князь Александр Вяземский. Связь с Екатериной была через князя Михаила Волконского.
Конечно, приговор Пугачёву вынесла императрица, и вынесла задолго до суда и даже до окончательного разгрома бунта. Екатерина присылала судьям свои указания, но потом эти письма были тщательно изъяты из всех архивов. Государыня сама боялась суда – суда Истории.
В смертном приговоре Пугачёву никто не сомневался. Екатерина сожалела лишь о том, что эта казнь во мнении Европы уравняет её Россию с Русью Ивана Грозного: «такова честь, которой мы удостоимся вследствие этой выходки преступного мальчишки». Единственным спорным вопросом был способ казни. Судьи решили: четвертовать Пугачёва. «Примеров такому наказанию ещё не было», – оторопело сообщил государыне князь Вяземский.
9 января 1775 года суд торжественно огласил приговор: казака Емельяна Пугачёва четвертовать, голову его насадить на кол, части тела разнести по городским заставам и положить на колёса, потом всё сжечь, а пепел развеять. Государыня смиренно поясняла: «В теперешнем случае казнь нужна, по несчастию, для блага империи». Члены Синода не подписали приговор – не по-христиански всё это, а церковь сняла с Пугачёва анафему, чтобы Емельян исповедался и причастился. Известие о казни Пугачёв встретил мужественно.
10 января, в тусклый зимний день, Москва собралась на Болотной площади. Здесь в окружении солдатского строя стоял новенький дощатый эшафот. Толпа во все глаза смотрела, как с Большого Москворецкого моста свернул длинный санный поезд. На огромных санях везли обычного мужика в тулупе. Стрижен в кружок, с короткой бородой… Неужели это – тот самый дьявол, который из пекла вознёсся едва ли не до небес? Тот сатанаил, что возгордился пред государыней и господом?
Екатерина не хотела для вора ореола мученика и тайно распорядилась сначала отсечь Пугачёву голову, а потом рубить тело. Емельян и несколько мятежников друг за другом поднялись на эшафот. Стиснув в кулаках горящие свечи, бунтовщики выслушали приговор. Крестясь на все стороны, Пугачёв простился с народом. Конвоиры потащили его и повалили на плаху. Удар топора – и палач поднял за волосы голову Емельяна с вытаращенными глазами. На палача с руганью набросился московский обер-полицмейстер Архаров: голову надо было отсекать в последнюю очередь! Но это негодование было разыграно. И потом «пошла стукотня на прочих плахах».